En el segundo semestre Colo-Colo participó en la Copa Sudamericana 2006, en donde logró alcanzar la final gracias a la buena actuación de figuras como Sebastián Cejas, Humberto Suazo, Alexis Sánchez y Matías Fernández como gran figura. Colo-Colo llegó a la final del Apertura 2008 en donde se enfrentó a Everton de Viña del Mar, el cual lo venció, por 3-2 en el global, tras partidos de ida y de vuelta.
